Sekitar jam 8 pagi, benteng benar-benar jatuh ke tangan pasukan Inggris. Segera setelah beteng ini direbut, pasukan Sepoy mengarahkan seluruh meriam ke arah Keraton Yogyakarta.
Serangan ini kemudian disusul dengan masuknya pasukan dari arah Plengkung Nirbaya di selatan Keraton Yogyakarta yang juga berhasil dikuasai pasukan Inggris.
Serangan ini berakhir setelah pasukan Inggris berhasil masuk ke Plataran Srimanganti dan membuat Sri Sultan Hamengku Buwono II menyerah.
Pada 20 Juni 1812, Sultan Hamengkubuwono II ditangkap beserta para pangeran yang masih tersisa.
Sementara Keraton Yogyakarta berhasil diduduki dan terjadi penjarahan besar-besaran terhadap harta-harta dan kekayaan intelektual yang ada di dalamnya.
Geger Sepehi yang terjadi dalam waktu singkat tidak hanya menjadi sejarah kelam yang meruntuhkan kewibawaan Keraton Yogyakarta, namun juga menjadi titik lahirnya tatanan baru di tanah Mataram.
Berikut adalah dampak Geger Sepehi yang dirasakan Keraton Yogyakarta:
Akibat penaklukan Keraton Yogyakarta, Sultan Hamengkubuwono II dilengserkan dan dibuang ke Penang, Malaya.
Kemudian muncul kebijakan yang dilakukan Inggris dengan mengangkat Adipati Anom Surojo sebagai Sultan Hamengkubuwono III yang kemudian dipaksa tunduk kepada pemerintah Gubernurmen Inggris.
Saat itu, suksesi jumenengan yang biasanya dilakukan sesuai adat istiadat keraton berubah menjadi sesuai keinginan Kolonial Inggris.
Pelantikan Sultan Hamengkubuwono III hanya dilakukan di Loji Residen yang membuatnya terlihat seperti menyejajarkan pemimpin kolonial Inggris, Raffles, dengan sultan yang baru.
Kerugian besar juga datang dari materi serta kekayaan intelektual Keraton Yogyakarta yang dijarah.
Ribuan naskah dari perpustakaan keraton yang menceritakan sejarah panjang masyarakat Jawa yang kental akan berbagai macam bentuk filosofi ini turut dijarah oleh Inggris.
Raffles kemudian memanfaatkan pengetahuan dan wawasan Pangeran Natakusuma di bidang sastra untuk memilah dan menginventarisasinya sebelum dibawa ke Inggris, yang
sekarang disimpan di British Library.
Pangeran Natakusuma sebagai pemimpin kepangeranan yang merdeka kemudian bergelar Adipati Pakualaman I.