Pada tahun 1910, Soegija meminta agar dapat mengikuti pelajaran-pelajaran Katolik.
Permintaan itu awalnya tidak langsung dikabulkan. Pihak sekolah perlu meminta izin kepada orang tua Soegija untuk dapat mengabulkan permintaan itu.
Namun, orang tua Soegija menolak dan tidak mengizinkan anaknya mempelajari Katolik.
Meski demikian, Soegija sudah bertekad. Hingga dia tetap diizinkan pihak sekolah untuk belajar Katolik.
Sejak itu, Soegija mulai mendalami ajaran-ajaran Katolik. Puncaknya pada tanggal 24 Desember 1910, Soegijapranata dibaptis dan menjadi pemeluk Katolik.
Saat pembaptisan itulah Soegijapranata mendapat nama baptis Albertus. Hingga saat ini dia dikenal dengan nama Albertus Soegijapranata.
Albertus Soegijapranata menamatkan pendidikannya di Kolese Xaverius pada tahun 1915.
Keinginannya untuk terus mendalami ajaran Katolik tidak usai dengan selesainya masa pendidikan di Kolese Xaverius, dan berkeinginan menjadi seorang imam.
Maka pada tahun 1916, Soegija pun dikirim ke Gymnasium, Uden, Belanda. Di sana dia mengikuti kegiatan imamat dan mendalami ilmu agama Katolik.
Baca juga: Gereja Katedral, Gereja Katolik Pertama di Jakarta yang Usianya Lebih dari Seabad
Selain itu, Soegija juga mendapatkan pelajaran bahasa Latin, Yunani, hingga Filsafat, di bawah asuhan Ordo Salib suci, atau Ordo Sanctae Crucis (OSC).
Sejak itu, perjalanan keilmuan Soegija terus berlanjut hingga dia memperdalam ilmu Teologi di Maastricht, Limburg, Belanda.
Di Maastricht inilah pada tahun 1931 Soegija menerima Sakramen Imamat dari Uskup Roermond. Soegija lantas menambah kata pranata pada namanya, hingga menjadi Soegijapranata.
Dua tahun setelah pentahbisan itu, Soegijapranata kembali ke Tanah Air, dan langsung ditugaskan sebagai Pastur Pembantu di Bintaran, lalu diangkat menjadi Pastur Paroki.
Pada tahun 1940, melalui telegram dari Kardinal Giovanni Battista Montini, Soegijapranata diangkat menjadi pemimpin Vikarat Apostolik.
Vikarat Apostolik adalah otoritas kawasan dalam Gereja Katolik Roma yang dibentuk di wilayah yang belum memiliki keuskupan.