Komponen-komponen bangunan yang terdapat pada Masjid Plosokuning juga menjadi yang paling lengkap diantara masjid Pathok Negara lainnya.
Masjid Pathok Negara Dongkelan terletak di Kauman, Desa Tirtonirmolo, Kecamatan Kasihan, Kabupaten Bantul, Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta.
Masjid Dongkelan diperkirakan didirikan setelah Perjanjian Salatiga tahun 1757.
Pendirian Masjid Dongkelan bermula dari peranan Kyai Syihabudin I yang berhasil mengusir pemberontakan Raden Mas Said dari wilayah Kasultanan Yogyakarta setelah Perjanjian Giyanti.
Atas jasanya tersebut, Sultan Hamengku Buwono I menganugerahi Kiai Syihabudin I tanah perdikan di Dongkelan dan memerintahkannya untuk mendirikan masjid.
Setelah itu Kiai Syihabudin I juga diangkat menjadi Abdi Dalem Pathok Negara.
Masjid Pathok Negara Babadan terletak di Kampung Kauman Babadan, Desa Banguntapan, Kecamatan Banguntapan, Kabupaten Bantul, Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta.
Masjid Babadan didirikan pada tahun 1774, masa pemerintahan Sultan Hamengku Buwana I.
Pada masa penjajahan Jepang (1942-1945), Babadan pernah direncanakan menjadi tempat gudang senjata untuk keperluan perang.
Hal ini membuat masyarakat Babadan banyak yang pindah ke arah utara menuju Kentungan, termasuk memindahkan seluruh konstruksi masjid ke Babadan Baru.
Masyarakat Babadan yang pindah ke Babadan Baru kemudian membangun masjid yang kemudian dinamai Masjid Sultan Agung.
Namun pada akhirnya rencana Jepang untuk menjadikan Babadan sebagai pusat penyimpanan amunisi tidak berhasil, sehingga masyarakat dapat kembali ke Babadan dan membangun masjidnya kembali.
Pembangunan kembali masjid tersebut dilakukan pada masa pemerintahan Sri Sultan Hamengku Buwono IX.
Masjid Pathok Negara Wonokromo terletak di Dusun Wonokromo I, Desa Wonokromo, Kapanéwon Pleret, Kabupaten Bantul, Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta.
Awalya Masjid Wonokromo tidak berstatus Masjid Pathok Negara, namun merupakan perluasan dari Masjid Babadan yang dimaksudkan untuk menambah jumlah Masjid Pathok Negara.