Hal ini membuat Kabupaten Gunungkidul menjadi daerah yang berhak mengatur dan mengurus rumah tangganya sendiri dalam lingkungan Daerah Istimewa Yogyakarta, dengan Wonosari sebagai ibukota kabupaten.
Hingga tahun 1995, Kabupaten Gunungkidul terdiri dari 13 kecamatan.
Namun seiring dengan perkembangan wilayah dan bertambahnya penduduk serta untuk menampung aspirasi masyarakat di Kabupaten Gunungkidul, maka tahun 1996 terjadi pemekaran wilayah menjadi 15 kecamatan, dengan tambahan Kecamatan Saptosari (pemecahan Kecamatan Paliyan) dan Kecamatan Gedangsari (pemecahan Kecamatan Patuk)
Kemudian saat diberlakukannya otonomi daerah pada tahun 2001, Kabupaten Gunungkidul berkembang lagi menjadi 18 kecamatan, yaitu dengan tambahan Kecamatan Purwosari (pecahan Kecamatan Panggang), Kecamatan Tanjungsari (pecahan Kecamatan Tepus) dan Kecamatan Girisubo (pecahan Kecamatan Rongkop).
Sumber:
gunungkidulkab.go.id, bappeda.gunungkidulkab.go.id, slemankab.go.id