Hal ini karena Kolonel Katamso langsung pulang menuju ke rumah dinasnya di Jalan Jenderal Sudirman Nomor 48, Yogyakarta.
Tanpa disadari, aksi penculikan dan pembunuhan Kolonel Katamso tengah direncanakan oleh Mayor Mulyono dan anak buahnya.
Ada yang menyarankan agar Kolonel Katamso langsung ditembak di tempat, namun ada juga yang ingin membuatnya tewas dengan cara yang tragis.
Setelah berunding, upaya pembunuhan pun dilaksanakan tanggal 1 Oktober 1965 pukul 17.00 WIB.
Sore itu sebuah mobil Jeep Gaz masuk ke dalam pekarangan rumah Katamso dengan diikuti oleh dua truk yang dipenuhi para prajurit bersenjata lengkap.
Peltu Sumardi dan Peltu Kamil turun dari mobil dan masuk ke dalam rumah Katamso dan langsung menodongkan senjata serta memintanya untuk ikut bersama mereka.
Kolonel Katamso yang tidak ingin kondisi semakin ricuh menuruti permintaan itu.
Ia kemudian dibawa ke Markas Komando Yon L di daerah Kentungan, utara Kota Yogyakarta.
Setelah diculik, Brigjen Katamso ditahan di dalam ruang komandan batalyon, sebelum akhirnya dibawa oleh Sertu Alip Toyo ke lokasi pembunuhan dalam keadaan mata tertutup dan tangan terikat.
Katamso kemudian dilepas begitu saja untuk berjalan sendiri, namun baru beberapa langkah kepalanya langsung dihantam menggunakan kunci montir seberat 2 kilogram oleh Sertu Alip Toyo.
Kolonel Katamso pun langsung terjatuh dan kepalanya sudah berlumuran darah dan setelah sempat menyelesaikan kata terakhirnya, ia pun tewas setelah dihantam pukulan untuk kedua kalinya.
Dalam tragedi itu, Kolonel Katamso tercatat meninggal dunia pada 2 Oktober 1965 dini hari.
Selain Kolonel Katamso, Kepala Staf Korem 072/Pamungkas Letkol Sugiyono juga menjadi korban tragedi G30S di Yogyakarta.
Berbeda dengan Kolonel Katamso, Letkol Sugiyono justru bergegas mendatangi markas Korem 072/Pamungkas setelah mendengar kabar penculikan Kolonel Katamso.
Tanpa ia ketahui, markas Korem 072/Pamungkas ternyata sudah dikuasai oleh para pemberontak.