Sungai Bedog diketahui bermuara di Sungai Progo di kabupaten Bantul.
Sungai Bedog pada bagian hulu digunakan sebagai lokasi penambangan pasir, sementara bagian tengah dan hilir dimanfaatkan sebagai sumber irigasi lahan pertanian dan pariwisata.
Sungai Progo adalah sungai terpanjang di Jawa Tengah, yang alirannya melewati Kabupaten Temanggung, Kabupaten Magelang (Provinsi Jawa Tengah), Kabupaten Sleman, Kabupaten Kulon Progo, dan Kabupaten Bantul, (DI Yogyakarta).
Hulu Sungai Progo berada di Gunung Sumbing, tepatnya terletak di Dusun Jumprit, Desa Tegalrejo, Kabupaten Temanggung.
Muara Sungai Progo berada di sekitar Pantai Pandansimo, tepatnya di Daerah Ngentak, Poncosari, Kec. Srandakan, Kabupaten Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta.
Sungai Progo dimanfaatkan sebagai sumber irigasi lahan pertanian, perikanan, dan pariwisata.
Sungai Winongo atau Kali Winongo merupakan salah satu sungai penting yang mengalir melintasi wilayah DI Yogyakarta.
Hulu Sungai Winongo terdiri dari tiga buah sungai di lereng Gunung Merapi, yaitu pertemuan Sungai Denggung, Sungai Doso, dan Sungai Duren di wilayah kecamatan Turi dan baru bernama Sungai Winongo ketika sudah memasuki wilayah kecamatan Mlati Kabupaten Sleman.
Sementara bagian hilir Sungai Winongo ada di Samudera Hindia tepatnya di Pantai Samas, yang berlokasi di Kecamatan Sanden, Kabupaten Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta.
Sungai dengan panjang sekitar 48 km ini melintas dari utara ke selatan membelah Yogyakarta bagian barat, mulai dari Kabupaten Sleman, Kota Yogyakarta, hingga Kabupaten Bantul.
Sungai Code atau Kali Code adalah salah satu landmark Kota Jogja karena memiliki bentuk perkampungan unik di bantaran sungainya.
Sungai Code memiliki hulu di lereng Gunung Merapi dan merupakan kelanjutan dari aliran Sungai Boyong yang kerap terdampak aliran lahar dingin.
Sementara hilir Sungai Code mengarah ke penggal dari Sungai Opak.
Sungai Code ini melintas dari utara ke selatan membelah Yogyakarta, mulai dari Kabupaten Sleman, Kota Yogyakarta, hingga Kabupaten Bantul.
Sungai Kuning atau Kali Kuning memiliki hulu di lereng Gunung Merapi dan menjadi salah satu sungai yang terdampak aliran lahar dingin.