Selanjutnya pada 6 Oktorbe 195 atau sehari sebelumnya, Ketua KNI Moh. Safeh dan pengurus BKR (Badan Keamanan Rakyat) saudara Sundjojo, Umar Djoy dan Sukardi berunding dengan Sihata Tjihanbuto dan Asoka Butaitjo.
Mereka berusaha mengadakan perundingan untuk meminta senjata dari Butai Kotabaru yang berakhir dengan kegagalan.
R.P. Soedarsono kembali mengulangi sekali lagi permintaannya agar Butaitjo Mayor Otzuka rela menyerahkan senjatanya ke pihak Indonesia.
Namun saat perundingan dilakukan ratusan rakyat dan pemuda yang digerakkan oleh KNI, BPU, BKR dan Polisi menuju ke Kotabaru sehingga pertempuran menjadi tak terhindarkan.
Dikutip dari laman Kelurahan Kotabaru, saat itu rakyat menyerang Kidobutai Kotabaru sehingga terjadi pertempuran yang sengit sehingga tentara Jepang kewalahan dan akhirnya menyerah.
Sebanyak 21 orang gugur dari pihak Indonesia dan disemayamkan di Gedung Nasional Yogyakarta sebelum dimakamkan di Taman Makam Pahlawan.
Para pahlawan yang gugur pada Pertempuran Kotabaru 7 Oktober 1945 adalah I Dewa Nyoman Oka, Ahmad Jazuli, Supadi, Faridan M. Noto, Bagong Ngadikan, Suroto, Syuhada, Sunaryo, Sajiono, Sabirin, Juwadi, Hadidarsono, Sukartono, Johar Nurhadi, Sareh, Wardhani, Trimo, Akhmad Zakir, Umum Kalipan, Abubakar Ali, dan Atmosukarto.
Sejarah Pertempuran Kotabaru menjadi salah satu peristiwa yang diingat oleh masyarakat Yogyakarta hingga saat ini.
Monumen Penyerbuan Kotabaru
Sebagai salah satu bentuk peringatan sejarah, Sri Sultan Hamengku Buwono IX meresmikan Monumen Penyerbuan Kotabaru pada tanggal 7 Oktober 1988.
Monumen ini didirikan di kompleks Asrama Korem 040 Pamungkas yang berlokasi di Jalan Wardhani Kotabaru Yogyakarta.
Monumen bentuk persegi dengan warna dasar hitam itu juga memuat prasasti yang berbunyi “Tetenger ini didirikan untuk memperingati puncak pengambil alihan kekuasaan dari pihak Jepang di Yogyakarta dengan serbuan bersenjata dan pertumpahan darah yang dikenal sebagai Pertempuran Kotabaru pada tanggal 7 Oktober 1945”.
Sementara pada bagian atas prasasti terdapat simbol perjuangan, yaitu dua buah bambu runcing.
Pembangunan Masjid Syuhada
Untuk menghormati jasa para pahlawan, pada tahun 1950 juga dibangun sebuah masjid di kawasan Kotabaru yang diberi nama Masjid Syuhada.