Sekitar pukul 17.00 WIB, rencana berikutnya dilakukan dengan menculik Brigjen Katamso diculik dari rumah dinasnya di Jalan Jenderal Sudirman Nomor 48, Yogyakarta.
Penculikan tersebut dilakukan oleh Peltu Sumardi dan Peltu Kamil dan dilakukan dengan mobil Jeep Gaz yang dikawal dua truk penuh prajurit bersenjata lengkap.
Di Korem 72/Pamungkas, Brigjen Katamso ditahan di dalam ruang komandan batalion.
Setelahnya ia dibawa oleh Sertu Alip Toyo ke lokasi pembunuhan dalam keadaan mata tertutup dan tangan terikat, dan kemudian dilepas begitu saja untuk berjalan sendiri.
Beberapa langkah berjalan, kepala Brigjen Katamso langsung dihantam menggunakan kunci montir. Katamso pun terjatuh dengan kepala yang berlumuran darah.
Karena masih bernafas, ia dihantam pukulan untuk kedua kalinya yang membuat Brigjen Katamso meninggal dunia pada 2 Oktober 1965 dini hari.
Kasrem 072/Pamungkas Kolonel Sugiyono tengah mencari kabar mengenai penculikan Brigjen Katamso juga turut menjadi korban.
Masih pada tanggal 1 Oktober 1965 pukul 18.00 WIB, kendaraan Letnan Kolonel Sugiyono memasuki Korem 72/Pamungkas.
Sebelumnya, Letnan Kolonel Sugiyono yang baru saja kembali dari Semarang ternyata sempat bertemu dengan kendaraan Pangdam VII/Diponegoro Brigadir Jenderal Suryosumpeno dan ketika di Bawen.
Ia segera menuju ruangan Sie II untuk bertemu dengan Mayor Kartawi dan Mayor Mulyono dengan maksud memberi arahan kepada perwira-perwira terkait dengan peristiwa yang terjadi di Semarang dan Jakarta.
Kemudian Peltu Sumardi dengan beberapa orang anak buahnya datang memasuki ruangan Letnan Kolonel Sugiyono dan mengancamnya dengan todongan pistol.
Pada malam harinya, Letnan Kolonel Sugiyono dieksekusi dengan dipukul dari belakang dengan kunci Mortir 8 oleh Sertu Alip Toyo.
Tubuhnya kemudian dimasukkan ke dalam lubang yang telah disiapkan. Namun di dalam lubang tersebut, dari tubuh Letnan Kolonel Sugiyono masih terdengar suara dengkuran.
Untuk menghabiskan nyawanya, Sertu Alip Toyo kemudian melemparkan batu-batu besar ke dalam lubang tersebut dan dengkuran Letkol Sugiyono berhenti.
Setelah keduanya dieksekusi secara sadis dan jasadnya dimasukkan ke dalam lubang yang telah dipersiapkan yang berlokasi di suatu pekarangan yang berada di tepi pagar Markas Komando Yon L.