Namun, sebagian mahasiswa lainnya tetap bergerak dan berusaha menembus blokade polisi yang kembali menyebabkan aksi saling dorong dan bentrok fisik.
Pada 5 Mei 1998, mahasiswa di Yogyakarta melakukan pergerakan dengan menghadapi barisan aparat keamanan yang membuat bentrok fisik pun tidak terelakkan.
Keesokan harinya, kembali terjadi unjuk rasa yang diikuti oleh mahasiswa dari beberapa universitas seperti UGM, Universitas Negeri Yogyakarta (UNY), Universitas Sanata Dharma (USD), dan UIN Sunan Kalijaga.
Pada hari itu, aksi demonstrasi dapat berjalan cukup lancar, namun tidak dengan aksi di Jalan Gejayan di mana telah terjadi bentrokan. Polisi mengejar mahasiswa sampai ke dalam kampus dan menangkan 29 demonstran.
Hal ini diikuti dengan Pada 7 Mei 1998, pihak aparat keamanan meyakinkan publik bahwa mahasiswa yang ditangkap akan diperlakukan dengan baik.
Akan tetapi, pada akhirnya kerusuhan memuncak pada tanggal 8 Mei 1998 di mana kericuhan terjadi di sekitar Gejayan sejak pagi hingga malam hari.
Sebelumnya pada pada tanggal 8 Mei 1998 pukul 13.00, aksi ribuan mahasiswa menggelar di Bundaran Kampus UGM masih berjalan dengan baik serta tertib.
Di saat yang sama, kampus-kampus lain yaitu Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) dan Universitas Sanata Dharma (USD) juga menghelat aksi serupa yang hanya dipisahkan dua lajur, yaitu Jalan Gejayan.
Namun menjelang sore, para mahasiswa mulai bergerak dari Jalan Gejayan untuk bergabung di sekitar Bundaran UGM.
Karena tidak ingin aksi demonstrasi menjadi semakin besar, aparat kembali melakukan upaya untuk membubarkan massa.
Akibatnya, sekitar pukul 17.00, terjadi bentrokan antara aparat keamanan dan para mahasiswa di pertigaan antara Jalan Gejayan dan Jalan Kolombo membuat suasana mencekam menghiasi Jalan Gejayan sekitarnya hingga malam hari.
Beberapa akses jalan yang menuju ke tempat kejadian perkara juga ditutup akibat bentrokan ribuan mahasiswa dan masyarakat dengan ratusan aparat keamanan.
Hal ini juga diungap oleh Sejarawan Universitas Sanata Dharma (USD) Yogyakarta Silverio R.L Aji Sampurno yang menjelaskan bahwa saat kejadian bentrokan pada 8 Mei 1998 tersebut, gang-gang di kanan kiri Gejayan ditutup oleh warga.
"Semua gang diblok, timur barat Jalan Gejayan yang masuk gang-gang itu semua diblokir oleh masyarakat," ungkapnya.
Ia juga menuturkan bahwa aparat keamanan memang menyisir untuk mencari mahasiswa, bahkan mengejar para mahasiswa sampai masuk ke gang-gang di sekitar Jalan Gejayan.
"Kemudian mereka dikejar sampai ke dalam kampung-kampung. Masuk ke kampung," jelasnya.
Dilansir dari harian Kompas yang terbit pada 9 Mei 1998, hingga pukul 23.00 WIB pada 8 Mei 1998, kondisi di Jalan Kolombo masih memanas.
Mahasiswa dan masyarakat melawan aparat dengan batu, petasan, bahkan bom molotov, sehingga usaha membubarkan demonstran kemudian ditempuh dengan tembakan gas air mata, semprotan air dari kendaraan water gun.
Aparat keamanan juga melakukan pengejaran ke Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) atau IKIP Yogyakarta dan Universitas Sanata Dharma (USD) Yogyakarta.