Ruang Prasejarah menyimpan benda-benda peninggalan prasejarah, saat orang masih berburu untuk mencari makanan.
Ruang Bali memamerkan benda-benda yang berkaitan dengan adat, seni, dan budaya Bali. Terutama terkait, penyebaran agama Hindu.
Koleksi Museum Sonobudoyo tersusun dalam jenis koleksi biologika, arkeologi, etnografika, numismatika/heraldika, historika, filologika, keramologika, seni rupa, dan teknologika.
Museum Sonobudoyo berawal dari yayasan, bernama Java Instituut, yang bergerak dalam bidang Kebudayaan Jawa, Madura, Bali, dan Lombok.
Dalam sebuah kongres pada tahun 1924, Java Instituut akan mendirikan sebuah museum.
Kemudian, untuk pengumpulan data kebudayanan daerah Jawa, Madura, Bali, dan Lombok dilakukanpada tahun 1929. Panitia Perencana Pendirian Museum dibentuk tahun 1931.
Bangunan museum menggunakan tanah bekas "Shouten" berupa tanah hadiah dari Sri Sultan Hamengkubuwono VIII
Baca juga: Museum Ranggawarsita: Daya Tarik, Harga Tiket, dan Jam Buka
Keberadaan tanah untuk museum ini ditandai dengan sengkalan candra sengkala atau susunan kata-kata yang bermakna perhitungan tahun "Buta ngrasa estining lata", yakni tahun 1865 Jawa atau tahun 1934 Masehi.
Peresmian museum dilakukan pada hari Rabu Wage tanggal 9 Ruwah 1866 Jawa, dimana ditandai dengan candra sengkala "Kayu Winayang Ing Brahmana Budha". Artinya, tahun Jawa bertepatan dengan 6 November 1935 Masehi.
Peresmian Museum Sonobudoyo dilakukan oleh Sri Sultan Hamengkubuwana VIII.
Museum Sonobudoyo sempat diserahkan kepada pemerintah pusat pada tahun 1974, melalui Departemen Pendidikan dan Kebudayaan.
Setelah adanya otonomi daerah, museum menjadi kewenangan provinsi sebagai otonomi daerah dan bergabung dengan Dinas Kebudayaan dan Periwisata Provinsi DIY pada tahun 2001.
Bagi pengunjung yang ingin melihat peninggalan tradisi di Museum Sonobudoyo akan dikenakan tiket masuk sebesar Rp 10.000 untuk dewasa dan Rp 5.000 anak-anak.
Turis mancanegara akan dikenakan tiket masuk sebesar Rp 20.000.
Harga tiket ini berdasarkan pada Peraturan Gubernur No 122 Tahun 2021.