Pada awal masa pendiriannya, Kerajaan Mataram Islam yang berada di bawah pemerintahan Panembahan Senopati memiliki ibu kota yang berlokasi di Kotagede yang berarti kota besar.
Selain memperluas daerah kekuasaan, Panembahan Senopati juga mulai membangun benteng yang mengelilingi keraton dari bahan batu bata, serta parit pertahanan yang mengelilingi benteng luar.
Panembahan Senopati juga mendirikan Kompleks Makam Raja Mataram di sebelah barat Masjid Agung Kotagede.
Pembangunan kompleks makam raja di Kotagede dilakukan secara bertahap, bahkan terus dilanjutkan sesudah Panembahan Senopati wafat.
Bersumber dari Babad Momana, diketahui pembangunan Kompleks Makam Raja Kotagede dimulai pada tahun 1589 dan selesai pada tahun 1606.
Di dalam kompleks makam terdapat tiga cungkup yang merupakan bangunan utama berfungsi sebagai pelindung makam-makam tertua.
Sesuai urutan dari selatan ke utara , ketiga cungkup tersebut bernama Bangsal Prabayaksa, Bangsal Witana, dan Bangsal Tajug.
Adapun makam dan bagian belakang masjid pernah mengalami kebakaran yang merusak beberapa bangunan sehingga Sunan Paku Buwana X memerintahkan dilakukannya renovasi dengan menggunakan bahan bangunan dan gaya arsitektur pada masa tersebut.
Sebelum Panembahan Senapati memulai pembangunan Kompleks Makam Raja Kotagede, sudah ada beberapa tokoh yang dimakamkan di tempat tersebut.
Tokoh-tokoh tersebut dimakamkan di dalam cungkup besar yang diantaranya adalah Sultan Hadiwijaya dan Ki Ageng Pemanahan, beserta anggota keluarganya.
Di tempat yang sama, Panembahan Senopati yang wafat pada tahun 1601 juga dimakamkan tepatnya di sebelah barat makam Ki Ageng Pemanahan sesuai dengan wasiatnya.
Tokoh-tokoh lain yang dimakamkan di dalam cungkup besar di antaranya adalah Ki Juru Martani, Nyi Ageng Nis, Panembahan Seda ing Krapyak (Raden Mas Jolang), Sultan Hamengku Buwono II, Adipati Paku Alam I, Adipati Paku Alam II, Adipati Paku Alam III, dan Adipati Paku Alam IV.
Perlu dicatat bahwa Sultan Hamengku Buwono II dimakamkan di Pasarean Hastana Kitha Ageng disebabkan pada saat wafat Perang Diponegoro tengah berkecamuk sehingga tidak memungkinkan untuk mengadakan pemakaman di Pajimatan Imogiri.
Hal menarik lainnya adalah terdapat makam Ki Ageng Mangir yang separuh berada di dalam cungkup dan separoh berada di luar cungkup.
Ki Ageng Mangir adalah salah seorang menantu sekaligus musuh Panembahan Senopati, yang dimakamkan sesuai dengan statusnya.
Jumlah keseluruhan makam di Kompleks Makam Raja Kotagede baik yang bercungkup maupun yang tidak dinaungi cungkup seluruhnya ada 627 makam.
Sumber:
kebudayaan.jogjakota.go.id
pariwisata.jogjakota.go.id
kebudayaan.kemdikbud.go.id
www.kratonjogja.id
jogjacagar.jogjaprov.go.id