Namun sejak dibentuk Lembaga Pemasyarakatan Perempuan Kelas IIB Yogyakarta pada tahun 2016, seluruh sel di Lapas Yogyakarta diperuntukkan untuk narapidana laki-laki.
Di dalam area lapas juga terdapat berbagai fasilitas pendukung seperti Klinik Pratama Lapas Yogyakarta dengan tiga kamar termasuk kamar bagi kelompok rentan.
Ada pula fasilitas lain seperti dapur, gedung aula, gedung kesenian, masjid, gereja, dan gedung bimbingan kerja (bimker).
Dikutip dari laman Kemendikbud, berikut adalah sejarah kepenjaraan mulai dari masa pemerintah kolonial Belanda hingga Indonesia merdeka.
Diketahui sebelum tahun 1872, peraturan yang diberlakukan dalam pemberian hukuman kepada orang hukuman disesuaikan dengan peraturan adat-istiadat daerah setempat.
Kemudian pada tahun 1872, pemberian hukuman kepada orang hukuman masih berupa hukuman kerja, hukuman mati dan denda. Hal itu karena tidak ada hukuman penjara atau kurungan bagi orang Indonesia.
Orang hukuman hanya akan ditampung dalam Gestraften Kuartier, untuk kemudian pada pagi harinya digiring ke tempat-tempat pekerjaan yang berada di luar tembok penampungan.
Walau begitu, kondisi orang hukuman pada saat itu sangat menyedihkan karena kekurangan makanan, namun harus bekerja keras. Akibatnya banyak orang hukuman yang melarikan diri.
Baru pada tahun 1905, muncul kebijakan (policy) baru bagi orang-orang hukuman dengan dipekerjakan di dalam lingkungan tembok penampungan.
Untuk itu,maka tempat-tempat penampungan yang sudah didirikan di Batavia, Surabaya, Surakarta, Yogyakarta, Padang dan Makasar diubah menjadi penjara-penjara pusat.
Di samping itu, dibangun pula pusat-pusat penampungan wilayah baru seperti Cepiring, Madiun, Pekalongan dan Malang.
Dengan demikian sistem Gestraften Kuartier kemudian berubah menjadi Centraale Gevangenissen atau penjara-penjara pusat.
Pada awal berdiri, di dalam penjara-penjara pusat belum ada pemisahan antara orang hukuman dengan orang tahanan. Tidak ada pula pemisahan antara laki-laki dan perempuan, atau antara anak-anak dan orang dewasa.
Hal ini dimaksudkan untuk membuat rasa takut bagi orang hukuman dan orang tahanan yang tinggal di dalamnya.
Sebagai sebuah penjara pusat, di dalam temboknya terdapat berbagai bangunan segan ukuran besar yang memiliki kapasitas penampungan besar.