Keraton Yogyakarta pun berhasil diduduki dan terjadi penjarahan besar-besaran terhadap harta-harta dan kekayaan intelektual yang ada di dalamnya.
Inggris juga melengserkanSri Sultan Hamengku Buwono II dan mengangkat Adipati Anom Surojo sebagai Sultan Hamengkubuwono III yang kemudian dipaksa tunduk kepada pemerintah Gubernurmen Inggris.
Peristiwa bergabungnya Yogyakarta ke NKRI dikenal sebagai Amanat 5 September 1945.
Melalui Amanat 5 September 1945yang merupakan dekret kerajaan, Sri Sultan Hamengkubuwono IX dan Kanjeng Gusti Pangeran Adipati Aryo Paku Alam VIII menyatakan bahwa wilayah Keraton Ngayogyakarta Hadiningrat dan Kadipaten Pakualaman bergabung dengan NKRI.
Sehari setelahnya yaitu pada 6 September 1945, pemerintah pusat memberikan Piagam 19 Agustus 1945 yang merupakan bentuk penghargaan atas bergabungnya Yogyakarta dengan RI.
Piagam ini sekaligus memperkuat kedudukan Sri Sultan HB IX dan Sri Paduka Paku Alam VIII dalam memimpin Yogyakarta.
Hal ini juga menjadi awal mula Yogyakarta menyandang status sebagai sebuah daerah istimewa.
Setelah Proklamasi Kemerdekaan tanggal 17 Agustus 1945, selanjutnya Jakarta menjadi Ibu Kota Republik Indonesia dan pusat pemerintahan Republik Indonesia.
Namun kondisi keamanan di Jakarta yang semakin memanas, membuat pemerintah mengambil keputusan untuk memindahkan pusat pemerintahan ke Yogyakarta.
Tepatnya pada 4 Januari 1946 Yogyakarta pun menjadi ibukota RI sementara sampai tanggal 27 Desember 1949.
Pada tanggal 28 Desember 1949 ibukota negara Indonesia kembali ke Jakarta.
Serangan Umum 1 Maret 1949 adalah sebuah peristiwa serangan serentak yang dilakukan TNI dan rakyat untuk melawan pasukan Belanda yang menduduki wilayah Yogyakarta.
Peristiwa ini terjadi setelah Belanda berusaha melakukan pendudukan terhadap Yogyakarta yang tengah berstatus sebagai ibu kota sementara karena kondisi keamanan di Jakarta yang tidak kondusif.
Penyebabnya adalah Agresi Militer Belanda ke-II yang menyebabkan situasi Yogyakarta mulai memanas.
Selain itu, Belanda terus melanggar sejumlah kesepakatan dan terus melancarkan propaganda ke dunia internasional bahwa Republik Indonesia sudah hancur dan tentara Indonesia sudah tidak ada.
Serangan Umum 1 Maret 1949 dimulai tepat pukul 06.00 WIB dengan ditandai bunyi sirine sebagai tanda dimulainya serangan secara serentak di seluruh wilayah Yogyakarta dan sekitarnya.
Sasaran utama serangan yaitu Benteng Vredeburg, kantor pos, istana kepresidenan, Hotel Tugu, stasiun kereta api, dan Kotabaru.
Pertempuran memuncak pada pukul 11.00 WIB, ketika bantuan pasukan Belanda mulai datang dari arah Magelang yang terdiri dari pasukan kavaleri pasukan Netherland Indies Civil Administration (NICA) dan komando Gajah Merah di bawah pimpinan Kolonel Van Zaten.