Namun setelah Perang Diponegoro usai, wilayah wilayah Kulon Progo sekarang yang masuk wilayah Kasultanan terbentuk empat kabupaten yang dipimpin oleh para tumenggung, yaitu Kabupaten Pengasih (1831), Kabupaten Sentolo (1831), Kabupaten Nanggulan (1851), dan Kabupaten Kalibawang (1855).
Menurut buku 'Prodjo Kejawen', pada tahun 1912, Kabupaten Pengasih, Sentolo, Nanggulan dan Kalibawang digabung menjadi satu dan diberi nama Kabupaten Kulon Progo.
Saat itu, ibu kota berada di Pengasih, dan bupati pertama yang menjabat adalah Raden Tumenggung Poerbowinoto.
Dalam perjalanannya, sejak 16 Februari 1927 Kabupaten Kulon Progo dibagi atas dua Kawedanan dengan delapan Kapanewon, sedangkan ibukotanya dipindahkan ke Sentolo.
Dua Kawedanan tersebut adalah Kawedanan Pengasih yang meliputi kepanewon Lendah, Sentolo, Pengasih dan Kokap/sermo. Kawedanan Nanggulan meliputi kapanewon Watumurah/Girimulyo, Kalibawang dan Samigaluh.
Sementara di selatan Kabupaten Kulon Progo ada suatu wilayah yang masuk Keprajan Kejawen yang bernama Karang Kemuning yang selanjutnya dikenal dengan nama Kabupaten Adikarto.
Menurut buku 'Vorstenlanden' disebutkan bahwa pada tahun 1813 Pangeran Notokusumo yang diangkat menjadi KGPA Ario Paku Alam I mendapat palungguh di sebelah barat Sungai Progo, tepatnya sepanjang pantai selatan yang dikenal dengan nama Pasir Urut Sewu.
Oleh karena tanah pelungguh itu letaknya berpencaran, maka sentono ndalem Paku Alam yang bernama Kyai Kawirejo I memberi nasehat agar tanah pelungguh tersebut disatukan letaknya.
Penyatuan pelungguh tersebut menjadikannya sebuah wilayah setingkat kabupaten yang kemudian diberi nama Kabupaten Karang Kemuning dengan ibukota Brosot.
Adapun bupati yang pertama yang menjabat adalah Tumenggung Sosrodigdoyo.
Pada masa pemerintahan bupati kedua, yaitu R. Rio Wasadirdjo, KGPAA Paku Alam V memerintahkan untuk melakukan pengeringan rawa di Kabupaten Karang Kemuning.
Rawa-rawa yang dikeringkan itu kemudian dijadikan tanah persawahan yang Adi (Linuwih) dan Karta (Subur) atau daerah yang sangat subur.
Oleh karena itu, maka Sri Paduka Paku Alam V lalu mengganti nama Kabupaten Karang Kemuning menjadi Kabupaten Adikarto pada tahun 1877 yang beribukota di Bendungan.
Kemudian pada tahun 1903, ibu kota Kabupaten Adikarto dipindahkan ke Wates.
Kabupaten Adikarto terdiri dua kawedanan (distrik) yaitu kawedanan Sogan (meliputi kapanewon (onder distrik) Wates dan Temon) dan kawedanan Galur (meliputi kapanewon Brosot dan Panjatan).