Raja Jayabaya meramalkan adanya penyatuan dua sungai di tanah Mataram yang akan memberikan kemakmuran pada rakyatnya.
Selain itu, Sunan Kalijaga juga pernah menyatakan bahwa wilayah Yogyakarta akan subur dan rakyatnya akan sejahtera jika aliran Sungai Progo dan Sungai Opak bisa bersatu.
Pada akhirnya, taktik Sri Sultan Hamengku Buwono IX untuk membangun saluran irigasi tersebut pun diterima oleh Jepang.
Saluran irigasi yang dibangun pada 1942-1944 itu awalnya diberi nama Gunsei Hasuiro, Gunsei Yosuiro, atau Kanal Yoshihiro.
Nama Kanal Yoshihiro diambil dari nama sosok jenderal perang asal Jepang, Shimazu Yoshihiro.
Shimazu Yoshihiro dikenal karena berhasil memimpin 300 pasukan yang mengalahkan 3.000 pasukan musuh pada Perang Kizakihira di Kyushu pada 1572.
Sebelum akhirnya disebut Selokan Mataram, beberapa orang pernah menyebut kanal irigasi ini sebagai Kali Malang.
Nama Kali Malang muncul letak kanal irigasi ini melintang atau malang di wilayah Yogyakarta.
Pada akhirnya kanal irigasi diberi nama Selokan Mataram karena berada di wilayah Mataram.
Sebagai saluran irigasi, Selokan Mataram yang memiliki panjang sekitar 30,8 km berfungsi untuk mengairi 15.734 hektare persawahan di Yogyakarta.
Hulu Selokan Mataram berada di Sungai Progo tepatnya di Bendungan Karang Talun, Desa Bligo, Kecamatan Ngluwar, Kabupaten Magelang, Jawa Tengah.
Sementara bagian hilir Selokan Mataram berada di tempuran Sungai Opak, di wilayah Desa Randugunting, Kecamatan Kalasan, Kabupaten Sleman, Yogyakarta.
Aliran Selokan Mataram diketahui membelah wilayah Yogyakarta, mulai dari ujung barat Kabupaten Sleman hingga paling timurnya.
Dari barat, aliran airnya mengairi Kecamatan Moyudan, Kecamatan Minggir, Kecamatan Seyegan, dan Kecamatan Mlati.
Di utara, aliran airnya mengairi berbagai kecamatan, kecuali Kecamatan Tempel, Pakem, Turi, dan Ngaglik.