Bangunan Monumen Yogya Kembali terdiri dari tiga lantai, dimana masing-masing lantai memiliki keunikannya.
Lantai satu terdiri dari empat ruang, lantai dua terdiri dari 10 diorama dan 40 relief, dan lantai tiga bernama Ruang Garba Graha.
Koleksi museum sebanyak 1.108 buah yang terdiri dari heraldika, replika, miniatur, kendaraan, senjata api, senjata tradisional, foto dokumentasi, alat perhubungan angkatan darat, alat kesehatan, inventaris, patung peraga, arsip, daftar nama pahlawan, diorama, relief, dan evokatif.
Monumen Yogya Kembali dibagi menjadi beberapa museum.
Museum 1
Koleksi sekitar proklamasi kemerdekaan Indonesia.
Museum 2
Koleksi perang gerilya dengan Sistem Pertahanan Rakyat Semesta.
Museum 3
Koleksi yang berkaitan dengan peristiwa Serangan Umum 1949.
Museum 4
Museum ini berisikan koleksi Yogyakarta sebagai Ibu Kota Negara Republik Indonesia.
Baca juga: Sejarah Monumen Pers Nasional Solo, Saksi Lahirnya Radio Pertama Pribumi dan Berdirinya PWI
Bagi pengunjung yang ingin menikmati wisata sejarah di Monumen Yogya Kembali akan dikenakan tiket masuk sebesar Rp 15.000.
Pengelola memberikan diskon untuk pemesanan tiket lebih dari 30 tiket sebesar 10 persen.
Jika pengunjung merupakan rombongan anak TK, yatim piatu, dan difabel maka potongan harga sebesar 50 persen.